朱熹亲创的第二所书院,位于建阳县崇泰里云谷山庐峰之巅。草堂成于淳熙二年(1175),随朱熹在这里讲学、著述的弟子有蔡元定、刘爚、刘炳、廖德明、刘纯叟、吴公济等,还有友人魏元履、丘子服等人。蔡元定还建西山精舍,与云谷晦庵草堂遥遥相对,有疑难则彼此悬灯,相约次日聚首,以解难释疑。
草堂毁于元代。明成化十七年(1481),福建提刑按察司佥事谈俊捐俸命朱熹九世孙朱格重建,改名"云谷书院"。现仅存遗址。